Dentre as exposições produzidas pelo Museu, destacam-se:

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“O que é que a Bahia tem: Ourivesaria do Museu Carlos Costa Pinto - Salvador” - 2006
Exposição realizada na Pinacoteca do Estado de São Paulo, acompanhada de catálogo com textos, fruto de elaboradas pesquisas, e belas fotos. Foram expostas cerca de 300 peças da coleção do Museu Carlos Costa Pinto, entre prataria, balangandans e jóias de crioulas.
O público paulista pode apreciar a singular coleção de jóias de crioulas e as emblemáticas pencas de balangandans, usadas pelas negras baianas, cheias de significado e simbologia.
Grandiosa também é a prataria do Museu - civil, religiosa e regional, os exemplares expostos nessa exposição foram provenientes das antigas famílias baianas, igrejas e conventos.

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SANT’ANA: COLEÇÃO ANGELA GUTIERREZ - 2002
A coleção Ângela Gutierrez de imagens de Sant’Ana compreende exemplares brasileiros, eruditos e populares, dos séculos XVII, XVIII e XIX. Foram expostas 200 peças em madeira, terracota, pedra-sabão, marfim e pedra-talco. Esse magnífico conjunto de arte sacra cristã possibilitou uma reflexão sobre os múltiplos aspectos que envolvem a devoção, o culto e sua expansão no cenário barroco brasileiro. Na data da abertura da exposição, 26 de setembro, foi lançado em Salvador o livro sobre Sant’Anas, idealizado pelo Instituto Cultural Flávio Gutierrez.

O SAGRADO E O PROFANO NA COLEÇÃO BEATRIZ E MÁRIO PIMENTA CAMARGO – 2001
Essa exposição reabriu as salas de exposições temporárias do Museu. Assim como a coleção do casal Carlos e Margarida Costa Pinto, que originou o Museu, a coleção do casal Beatriz e Mário Pimenta Camargo é fruto de uma história de amor. Para a exposição foram selecionados móveis em miniatura e objetos de prataria sacra e profana. Na ocasião foi lançado um catálogo da exposição.

CANA: DOCE AMARGO - 1998
Em comemoração aos 30 anos do Museu, a exposição CANA: DOCE AMARGO foi pensada a partir da figura do Sr. Carlos Costa Pinto, que exerceu sua atividade comercial e industrial como exportador de açúcar, assim prosperando e tornando-se um grande colecionador das artes. A exposição ocupou os jardins, onde foi ambientado um canavial e o andar térreo do Museu, onde foi montada uma réplica do escritório do Sr. Carlos. Módulos temáticos mostraram uma síntese histórica da indústria açucareira dos séculos XVI ao XX e nas vitrines e mesa de jantar, foram expostos porcelanas, faqueiros e cristais pertencentes às famílias proprietárias dos engenhos.

LASTRO DA ARTE ORIENTAL NA CULTURA BAIANA - 1997
Integrando as comemorações pelos 500 anos das descobertas portuguesas, a mostra reuniu peças de porcelana, marfim e laca dos séculos XVII ao XIX, além de jóias e indumentárias utilizadas por imperadores da China e outros povos orientais - acervos do Museu Carlos Costa Pinto e do Museu Histórico Nacional do Rio de Janeiro. Constou também de fragmentos de porcelana chinesa encontradas na costa baiana, em 1668, no naufrágio da nau Galeão Sacramento - acervo do Museu Náutico da Bahia. A exposição reviveu os tempos em que a Bahia era ponto de parada obrigatória dos navios portugueses em direção ao Oriente.

A PRATA DA CASA - 1994
Exposição comemorativa dos 25 anos do Museu, com cerca de 1.000 peças de sua coleção de prata, distribuídas pelas vitrines das salas de modo didático, expondo a beleza desses objetos, além de painéis explicativos sobre o uso e a importância da prata. Esta exposição marcou o Jubileu de Prata do Museu.